Phân loại một số mẫu lingzhi thương mại (Ganoderma spp.) tại Việt Nam theo mã vạch DNA dựa trên vùng đệm sao chép nội
Tập 128 Số 1E (2019), Số đặc biệt - Hội thảo
Tập 128 Số 1E (2019)

Phân loại một số mẫu lingzhi thương mại (Ganoderma spp.) tại Việt Nam theo mã vạch DNA dựa trên vùng đệm sao chép nội

Số đặc biệt - Hội thảo
https://doi.org/10.26459/hueuni-jns.v128i1E.5380
Đã xuất bản 2019-10-29
Hồ Viết Thế
Khoa Công nghệ Sinh học,Trường Đại học Công nghiệp Thực phẩm Tp. Hồ Chí Minh
Võ Thị Ngọc Hà
Ho Chi Minh City University of Food Industry, 140 Le Trong Tan St., Tan Phu District, Ho Chi Minh City, Vietnam
Lê Ngọc Giàu
Ho Chi Minh City University of Food Industry, 140 Le Trong Tan St., Tan Phu District, Ho Chi Minh City, Vietnam

Tóm tắt

Tại Việt Nam, nấm linh chi chủ yếu được sử dụng để làm thuốc. Loại nấm này có giá trị thị trường cao nên sản lượng tăng nhanh trong những năm gần đây. Tuy nhiên, việc xác định và phân loại loại nấm linh chi chủ yếu dựa vào đặc điểm hình thái dẫn tới độ chính xác chưa cao. Trong nghiên cứu này, mã vạch DNA dựa trên vùng đệm sao chép nội (ITS-based DNA barcode) được sử dụng để phân tích cấu trúc di truyền của 10 mẫu nấm linh chi thương mại được thu thập từ các khu vực khác nhau trên cả nước. Kết quả cho thấy có sự đa dạng di truyền của 10 mẫu nấm linh chi. Dựa vào phân tích theo mô hình Kimura 2- parameter, khoảng cách di truyền giữa các mẫu nấm dao động từ 0,000 đến 0,047. Bảy trong số mười mẫu nấm được xác định thuộc loài G. lingzhi và ba mẫu còn lại được xác định thuộc loài G. lucidum. Ngoài ra, nghiên cứu này cũng tìm ra được 19 vị trí nucleotide khác nhau giữa các mẫu nấm. Mã vạch DNA dựa trên vùng đệm sao chép nội có triển vọng lớn trong việc nhận dạng và phân loại cũng như cung cấp thông tin về mối quan hệ di truyền giữa các giống nấm linh chi.

https://doi.org/10.26459/hueuni-jns.v128i1E.5380
PDF (English)

Tài liệu tham khảo

  1. Pawlik A, Janusz G, Debska I, Siwulski M, Frac M, Rogalski J. Genetic and metabolic intraspecific biodiversity of Ganoderma lucidum. Biomed Res Int. 2015: doi: 10.1155/2015/726149
  2. Ahmedand THM, Mohamed ZMA. Genetic diversity of mango (Mangifera indica L.) cultivars in Shendi Area. J Appl Sci. 2014;3(6):219-224.
  3. Guglielmo F, Gonthier P, Garbelotto M, Nicolotti G. PCR-based method for the identification of important wood rotting fungal taxa within Ganoderma, Inonotus s.l. and Phellinuss.l. FEMS Microbiol Lett. 2010;282:228-237.
  4. Singh SK, Yadav MC, Upadhyay RC, Kama S, Rai RD, Tewari RP. Molecular characterization of specialty mushroom germplasm of the National Mushroom Repository. Mushroom Res. 2003;12:67-78.
  5. Zheng L, Jia D, Fei X, Luo X, Yang Z. An assessment of the genetic diversity within Ganoderma strains with AFLP and ITS PCR-RFLP, Microbiol Res. 2009;164:312-321.
  6. Park YJ. Genetic diversity analysis of Ganoderma species and development of a specific marker for identification of medicinal mushroom Ganoderma lucidum. Afr J Microbiol Res. 2012;6(25):5417-5425.
  7. Hennicke F, Cheikh-Ali Z, Liebisch T, Macia-Vicent JG, Bode HB, Piepenbring M. Distinguishing commercially grown Ganoderma lucidum from Ganoderma lingzhi from Europe and East Asia on the basis of morphology, molecular phylogeny, and triterpenic acid profiles. Phytochemistry. 2016;127:29-37.
  8. Liao B, Chen X, Han J, Dan Y, Wang L, Jiao W et al. Identification of commercial Ganoderma (Lingzhi) species by ITS2 sequences., Chin Med. 2015;10(1),22. DOI 10.1186/s13020-015-0056-7
  9. Loyd AL, Richter BS, Jusino MA, Truong C, Smith ME, Blanchette RA et al. Identifying the “Mushroom of Immortality: Assessing the Ganoderma species composition in commercial Reishi products. Front Microbiol. 2018; 9:1-14.
  10. Mei Z, Yang L, Khan MA, Yang M, Wei C, Yang W et al. Genotyping of Ganoderma species by improved random amplified polymorphic DNA (RAPD) and inter-simple sequence repeat (ISSR) analysis. Biochem Syst Ecol. 2004; 56:40-48.
  11. Le DHV, Tran DH. Biological characterization and yield of some trains of lingshi mushroom (Ganoderma licidum) in Thua Thien Hue province. J Res Dev. 2008;49:209-216.
  12. Ngo XN, Nguyen TBT, Le VV, Nguyen TL, Nguyen TT, Nguyen DQ. Morphological characterisitcs, Yield performance, and mdicial value of some lingzhi mushroom (Ganoderma lucidum) strains cultivated in Tam Dao, Vietnam. Viet J Agril Sci. 2019; 2(1):321-331.
  13. Pham BT, Nguyen MT. Effects of temperature and time on extraction of polysaccharide and tannins from red lingzhi (Ganoderma lucidum). Can Tho Univ J Sci. 2015;36:21-28.
  14. Cao Y, Wu SH, Dai YC. Species clarification of the prize medicinal Ganoderma mushroom “Lingzhi”. Fungal Divers. 2012; 56(1):49-62.
  15. Porebski S, Bailey LG.Baum BR. Modification of a CTAB DNA extraction protocol for plants containing high polysaccharide and polyphenol components. Plant Mol Biol. 1997;15:8-15.
  16. White T, Bruns T, Lee S, Taylor J. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: Innis MA, Gelfand DH Sninski JJ, White TJ Editors. PCR-protocols a guide to methods and applications., San Diego: Academic press. 1990:315-322.
  17. Kress WJ, Wurdack KJ, Zimmer EA, Weigt LA, Janzen DH. Use of DNA barcodes to identify flowering plants, Proc Natl Acad Sci U S A. 2002;102(23):8369-8374.
  18. Wang A, Gopurenko D, Wu H, Lepschi B. Evaluation of six candidate DNA barcode loci for identification of five important invasive grasses in eastern Australia. Plos One. 2016;12(4):e0175338
  19. Chen SL, Yao H, Han JP, Liu C, Song JY, Shi LC et al. Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species. PLoS One. 2010;5:e8613.
  20. Kwon O, Par Y, Kim H, Kong W, Cho J, Lee C. (Taxonomic postion and species identity of the cultivated Yeongji “Ganoderma lucidum” in Korea. Mycobiology. 2015;44(1):1-6.
  21. Liu J, Moller M, Ga LM, Zhang DQ, Li DZ. DNA barcoding for the discrimination of Eurasian Yews (Taxus L., Taxaceae) and the discovery of cryptic species. Mol Ecol Resour. 2011;11:89-100.
  22. Ipek M, Ipek A, Simon WP. Testing the utility of matK and ITS DNA regions for discrimination of Allium species. Turk J Bot. 2014;28:203-212.
  23. Mishra P, Kumar A, Sivaraman G, Shukla AK, Kaliamoorthy R, Slater A Et al.Character-based DNA barcoding for authentication and conservation of IUCN Red listed threatened species of genus Decalepis (Apocynaceae). Sci Rep. 2017;7:14910.
Creative Commons License

công trình này được cấp phép theo Creative Commons Ghi công-Chia sẻ tương tự 4.0 License International .

Bản quyền (c) 2019 Array