ĐÁNH GIÁ VÀ SO SÁNH CÁC GIẢI THUẬT BIỂU DIỄN CẤU TRÚC BẬC HAI CỦA RNA
Abstract
Hiển thị các cấu trúc bậc hai RNA trên không gian 2 chiều là một phương pháp quan trọng nhất để hiểu RNA. Có rất nhiều phương pháp thông thường để hiển thị cấu trúc bậc hai RNA như phương pháp tuyến tính, phương pháp tròn và phương pháp xòe ra. Bài viết này miêu tả tổng quát các định nghĩa của cấu trúc bậc hai RNA và các phương pháp thông thường để hiển thị cấu trúc bậc hai RNA trên không gian 2 chiều. Đầu tiên, bài viết này giới thiệu 3 thuật toán thông thường. Thứ hai, đánh giá và so sánh các cách biểu diễn của các thuật toán trên cơ sở sử dụng 3 chuỗi RNA. Sau đó, bài viết này đề xuất thuật toán tốt nhất để hiển thị cấu trúc bậc hai RNA trên không gian 2chiều. Kết quả thử nghiệm cho thấy phương pháp xòe ra có hiệu suất cao hơn so với các phương pháp hiển thị khác.
Từ khóa: Cấu trúc bậc hai; Đánh giá; So sánh; RNA; Dự đoán; Giải thuật; Tuyến tính; Vòng; Xòe ra
References
E. W. Steeg, Artificial Intelligence and Molecular Biology, chương Neural Networks, Adaptive Optimization, and RNA Secondary Structure Prediction, 121-160, American Association for Artificial Intelligence, Menlo Park, CA, USA, 1993.
Q. Liu, X. Ye, and Y. Zhang, "A hopfield neural network based algorithm for rna secondary structure prediction," Proc.oj the First International Multi-Symposiums on Computer and Computational Sciences (IMSCCS'06), 1-7, 2006.
Rune B. Lyngsø, Michael Zuker, and Christian N. S. Pedersen. Internal loops in RNA secondary structure prediction. In RECOMB99: Proceedings of the Third Annual International Conference on Computational Molecular Biology, 260–267, Lyon, France, April 1999.
K´evin Darty, Alain Denise, and Yann Ponty. VARNA: “Interactive drawing and editing of the RNA secondary structure” Bioinformatics, 25(15):1974–5, August 2009.
R. E. Bruccoleri and G. Heinrich. “An improved algorithm for nucleic acid secondary structure display”. Comp Appl Biosci, 4(1):167–173, 1988.
J.J. Cannone, S. Subramanian, M.N. Schnare, J.R. Collett, L.M. D’Souza, Y. Du, B. Feng, N. Lin, L.V. Madabusi, K.M. Muller, N. Pande, Z. Shang, N. Yu, and R.R. Gutell. The Comparative RNA Web (CRW) Site: An Online Database of Comparative Sequence and Structure Information for Ribosomal, Intron, and other RNAs. BMC Bioinformatics, 3(2), 2002.
M. Zuker and D. Sankoff, “RNA secondary structures and their prediction," Mathematical Bioscience, Vol. 46, pp. 591-621, 1984.
Tabaska, J.E., Cary, R.B., Gabow, H.N., Stormo, G.D. (1998). An RNA folding method capable of identifying pseudoknots and base triples. Bioinformatics, 14, 691–699.
Yann Ponty, Fabrice Leclerc (2015), Drawing and Editing the Secondary Structure(s) of RNA, Ernesto Picardi RNA Bioinformatics, 1269, Springer New York, USA, pp.63-100
