NHẬN DẠNG PHÂN TỬ BÒ RỪNG QUẢNG NAM VÀ NINH THUẬN BẰNG TRÌNH TỰ VÙNG 16S VÀ D-LOOP TRÊN GENOME TY THỂ
Abstract
Tóm tắt. Nghiên cứu này tiến hành phân tích trình tự vùng 16S, vùng D-loop trên ty thể của hai mẫu bò rừng thu tại Quảng Nam (chết tháng 5 năm 2014) và tại Ninh Thuận (chết tháng 3 năm 2015) để định danh phân tử và xem xét phát sinh chủng loại của bò rừng Việt Nam so với thế giới. Kết quả dựa trên khoảng cách di truyền và phả hệ đồ dựng từ các trình tự 16S và D-loop đều cho thấy hai mẫu bò rừng Việt Nam có quan hệ gần gữi với Bos frontalis hơn là Bos gaurus; hơn nữa dự liệu từ genome ty thể cho thấy chúng không cùng một dòng mẹ.
Từ khóa: Định danh phân tử, vùng D-loop ty thể, vùng 16S, gen SRY, bò rừng Quảng Nam, bò rừng Ninh Thuận
References
Tài liệu tham khảo
Abas-Mazni O and Md-Zain BM (2011), Phylogenetic relationships of Malayan gaur with other species of the genus Bos based on cytochrome b gene DNA sequences, Genet Mol Res, 22, 10(1), 482-493.
Baig M, Mitra B, Qu K, Peng MS, Ahmed I, Miao YW, Zan LS and Zhang YP (2013), Mitochondrial DNA diversity and origin of Bos frontalis, Cur Sci, 104(1), 115-120.
Bộ Khoa học và Công nghệ, Viện Khoa học và Công nghệ (2007), Sách đỏ Việt Nam, Phần Động vật, Nxb Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, Hà Nội, 110-111.
Dorji T, Mannen H, Namikawa T, Inamura T and Kawamoto Y (2010), Diversity and phylogeny of mitochondrial DNA isolated from mithun Bos frontalis located in Bhutan. Anim Genet, 41(5), 554-556.
Galtier N, Gouy M & Gautier C (1996), SEAVIEW and PHYLO_WIN: two graphic tools for sequence alignment and molecular phylogeny, Bioinformatics, 12(6), 543-548.
Gou X, Wang Y, Yang S, Deng W, et al (2010), Genetic diversity and origin of Gayal and cattle in Yunnan revealed by mtDNA control region and SRY gene sequence variation, J Anim Breed Genet, 127: 154-160.
Guindon S. & Gascuel O (2003), A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood, Syst Bio, 52(5), 696-704.
Nijman IJ, van Boxtel DJ, van Cann LM, Cuppen E, Lenstra JA (2008), Phylogeny of Y-chromosomes from interbreeding bovine species, Cladistics, 24, 723-726.
Posada D (2008), jModelTest: phylogenetic model averaging, Mol Biol Evol, 25(7), 1253-1256.
Ramadan HA (2011), Sequence of specific mitochondrial 16S rRNA gene fragment from Egyptian buffalo is used as a pattern for discrimination between river buffaloes, cattle, sheep and goats, Mol Biol Rep, 38(6), 3929-3934.
Ronquist, F & Huelsenbeck JP (2003), MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models, Bioinformatics, 19(12), 1572-1574.
Swofford DL (2003), PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.
Tanaka K, Takizawa T, Murakoshi H, Dorji T, Nyunt MM, Maeda Y, Yamamoto Y, Namikawa T. (2011), Molecular phylogeny and diversity of Myanmar and Bhutan mithun based on mtDNA sequences, Anim Sci J, 82(1), 52-56.
Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, and Kumar S (2013), MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0, Mol Biol and Evol, 30, 2725-2729.
Zhijie M, Jincheng Z, Jianlin H, Jintao X, Wenlin B, Jiye L, Dongzhi C, Xinyan J and Jun Z (2010), Genetic diversity and demographic history of wild yak (Bos grunniens mutus) inferred from mtDNA D-loop sequences, Afr J Biotechnol, 9(46), 7805-7810.
